尽管ISO14064认证对企业具有诸多积极意义，但在实施过程中也面临着一些挑战。这些挑战主要包括以下几个方面：

1.数据收集与核算难度：温室气体排放数据的收集与核算是一项复杂而繁琐的工作，需要企业投入大量的人力、物力和财力。为解决这一问题，企业可以加强内部培训，提高员工对温室气体排放核算的认识和技能水平；同时，企业还可以寻求外部专业机构的支持和帮助，确保数据收集与核算的准确性和可靠性。

2.减排措施的实施成本：实施ISO14064认证需要企业投入一定的资金用于减排措施的研发和实施。然而，对于部分中小企业而言，这可能是一项不小的负担。为解决这一问题，政府可以出台相关政策，鼓励和支持企业实施ISO14064认证和减排措施；同时，企业也可以积极寻求外部资金和技术支持，降低减排措施的实施成本。